湖广都司治所武昌府。下辖武昌卫、武昌左卫、黄州卫、永州卫、岳州卫、蕲州卫、施州卫、辰州卫、常德卫、沅州卫、宝庆卫、沔阳卫、长沙卫、衡州卫、茶陵卫、镇远卫、偏桥卫、清浪卫、平溪卫、五开卫、九溪卫、靖州卫、永定卫、宁远卫、铜鼓卫25卫。以及郴州、麻寮、添平、安福、大庸、桂阳、武冈、澧州、宁溪、常宁、镇溪、桃川、枇杷、锦田、宁远、江华、城步、天柱、汶溪、宜章、广安、大田、黎平、中潮、新化、新化亮寨、隆里、平茶、平茶屯、铜鼓30个千户所。

另设置2个宣慰司4个宣抚司8个安抚司27个长官司，永顺、保靖宣慰司，施南、散毛、忠建、容美宣抚司，忠孝、忠路、金峒、龙潭、大旺、忠峒、高罗、桑植安抚司，下腊惹洞、麦着黄洞、驴迟洞、施溶溪、白崖洞、田家洞、五寨、筸子坪、摇把洞、上爱茶峒、下爱茶峒、镇远蛮夷、隆奉蛮夷、剑南、西坪蛮夷、东流蛮夷、腊璧峒蛮夷、木册、镇南、唐崖、椒山玛瑙、五峰石宝、水尽源通塔平、石梁下峒、臻剖、六洞、横波长官司。

湖广行都司治所郧阳府。下辖荆州卫、显陵卫、荆州右卫、瞿塘卫、襄阳卫、承天卫、郧阳卫7卫，以及夷陵、德安、枝江、长宁、远安、竹山、均州、房县、忠州9个千户所。

河南都司治所开封府。下辖河南卫、弘农卫、陈州卫、睢阳卫、宣武卫、信阳卫、彰德卫、南阳卫、怀庆卫、颍川卫、南阳中卫、汝州卫12卫。以及颍上、禹州、嵩县、卫辉前、林县、邓州前、唐县右7个千户所、

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江西都司治所南昌府。下辖南昌卫、袁州卫、赣州卫3卫。以及吉安、饶州、安福、会昌、永新、南安、建昌、抚州、铅山、广信、信丰11个千户所。

任命瞿式耜为华南总督，总督广东、广西、福建、海南、台湾军政。

任命陆富圆担任广东都司指挥使，荣富国担任广西都司指挥使，翁富强担任福建都司指挥使，荀富民担任福建行都司指挥使。

华南总督瞿式耜率领陆富圆、荣富国、翁富强、荀富民本部人马以及巩富铸、於富东、惠富方、甄富盛、曲富世、朱国保10个师12万人马组成华南纵队，开赴华南地区，整肃整编整训华南地区军队，接管华南地区防务。

广东都司治所广州府。下辖广州前卫、广州后卫、广州左卫、广州右卫、南海卫、潮州卫、雷州卫、海南卫、清远卫、惠州卫、肇庆卫、广海卫、砀石卫、神电卫、廉州卫15卫。

以及新会、韶州、南雄、龙川、程乡、德庆、新兴、阳江、高州、儋州、新宁、万州、崖州、增城、东莞、大鹏、香山、连州、河源、长乐、平海、海丰、捷胜、甲子门、大城、海门、靖海、蓬州、澄海、广宁、四会、阳春、海朗、双鱼、宁川、信宜、石城、永安、钦州、灵山、海康、乐民、海安、锦囊、清澜、昌化、南山、泷水、从化、封门、函口、富霖52个千户所。

广西都司治所桂林府城。下辖桂林右卫、桂林中卫、南宁卫、柳州卫、驯象卫、南丹卫、庆远卫、浔州卫、奉议卫9卫。以及梧州、怀集、武缘、古田、贵县、贺县、全州、太平、象州、平乐、郁林、宾州、来宾、富川、容县、融县、灌阳、河池、武宣、向武、五屯屯田千户所、迁江屯田22个千户所。

福建都司治所福州。下辖福州中卫、福州左卫、福州右卫、兴化卫、泉州卫、漳州卫、福宁卫、镇东卫、平海卫、永宁卫、镇海卫11卫，以及大金、定海、梅花、万安、莆禧、福全、金门、中左、高浦、浦城、六鳌、铜山、玄锺、崇武、南诏、龙岩16个千户所。

福建行都司治所建瓯建宁。下辖建宁左卫、建宁右卫、汀州卫、 延平卫、邵武卫5卫，以及将乐、武平、浦城、永安、上杭5个千户所。