商议好后，大顺水军兵分两路，郑成功率领水军主力直奔料罗湾，高一功率领水军余部向金门岛西侧进发。

此时，施琅已经在料罗湾将福建水师的全部战船摆开了阵势，等待大顺水军的进入。

施琅看到大顺军水军进入射程之后，立刻命令金门岸边的炮台和主力战船一起开炮。

郑成功带领主力战船在施琅眼前转了一圈后，随即后撤，退出了施琅炮火的覆盖范围。

施琅见郑成功并不在自己的火力范围内作战，十分恼火，他下令火船全体出动，冲向郑成功的主力战舰。

一时间，福建水师的士兵们驾驶火船，从主力战船身后冲出，铺满了整个海面。

火船中两名士兵负责快速划船，两名士兵手拿盛满火油的罐子，准备靠近大顺主力战船，泼上火油后点火烧船。

在火船出动后，施琅也下令主力战船，跟在火船队伍身后，掩护火船进攻。

郑成功见到施琅已经将火船放出，立刻命令己方的中小船只将自家的主力战船围住，不让满清的火船靠近。

两军主力战舰互相炮轰之下，满清的火船与大顺军的中小船只交织在了一起。

满清火船上的士兵见自己无法接近大顺军的主力战船，又已经被大顺军的中小船只靠近，只得放下火油罐，被迫应战。

两军士兵互相登船砍杀了起来。

施琅命令士兵调整方向，几次尝试让火船接近大顺军的主力战船均告失败。

他见自己火攻的计策已经无法实施，并且郑成功水军的人数众多，士兵和主力战船都抵挡不过，他决定先将部队退回到金门岸边，利用岸边炮台的优势再同大顺军战斗。

正在施琅和郑成功大军混战时，高一功率领部分水军战船抵达了金门西岸。

金门西岸水浅，岸边都是一些礁石和泥沙，远处是一些低矮的树木。

满清守卫将炮台掩藏在了树木中，士兵也都埋伏在炮台左右。

岸边守卫的满清士兵看到大顺军战船的身影后立刻命令炮台射击，驱赶大顺水军战船。

由于大顺主力战船无法靠岸，高一功命令二十艘主力战船在海面上一字排开，轰击岸上的守兵。

他同时下令一百八十艘小型船只载着士兵，冲向岸边登岸。

大顺士兵驾驶小船，快速冲到岸边，在浅水区，士兵全部弃船登岸。

岸上的满清士兵见状不好，全部从隐藏处杀了出来。

负责守卫西岸的福建水师将领立即派人将大顺军的进攻西岸的消息通知了总督施琅。

施琅好不容易将战船撤回到料罗湾岸边，想要重新组织进攻，可没想到突然收到了大顺军分兵进攻西岸的消息。