李邦华在了解案件的来龙去脉后，亲自书写了案件审理结果与对这些人的审判建议。
李邦华的题本几经周转，最终来到了朱由校的案头上，而且还是内阁三人一同给送过来的。
朱由校从刘时敏手中接过内阁送来的题本，认真地看完一遍后，朱由校淡淡地问道：“对于李邦华主犯斩首，从犯流放三千里的判罚，诸位可有异议！”
因题本上面没有三位大学士的票拟，朱由校才会如此当面发问。
三人互望了一眼后，方从哲按照三人事先商议好的结论说道：“启奏陛下，老臣与徐、李两位阁老认为李总宪的判罚偏轻了，此等大逆不道之罪，不管是主犯还是从犯，皆该斩首示众，从而震慑群小，以儆效尤！”
方从哲略微停顿了一下后，继续说道：“至于这些犯官的直系家属，当流三千里，遇赦不赦！”
朱由校眉头的抬头纹皱得老深，明显是对于督察院与内阁的处罚结果十分不满，不是朱由校嗜杀，而是现在的大明群魔乱舞，必须使用重典，快速整肃官场风纪。
而且严惩想谋害自己的官员，也能一定程度上震慑宵小。
见皇帝面色不愉，方从哲只好改变说辞，“若陛下觉得不妥，可尽管示下！”
朱由校语气淡漠地说道：“对于此等无君无父、猪狗不如的罪人，朕不知你们为何还要包庇他们。但朕也知道上天有好生之德，朕就不诛他们九族了，不管主犯还是从犯，男丁不管老幼全部夷三族吧，女眷就不用打入教坊司了，全部充边辽东沈阳，那里急缺女人，她们所生的后人三代内不得科考，更不得从事任何官职！”
方从哲嘴角微微抽了抽后，躬身答道：“老臣遵旨！”
“另外，在朕看来，东林书院出来的人多是祸国殃民之辈，虽然已经捣毁了东林书院，但京城却还有个东林书院的分院，那就是罪官冯从吾开设的首善书院，责令督察院三天内捣毁首善书院，里面就学的生员废除功名并终身禁止参加科考。”
朱由校喝了一口热茶后继续说道：“至于创办东林书院的顾宪成、顾允成等人，更是祸乱之始，除了剥夺他们的功名与赏赐并废为庶人外，他们的族人五代以内不得参加任何科考，也不得担任朝廷任何官职。”
方从哲三人互望了一眼，分别从对方的眼中看出了震惊，没想到皇帝如此狠辣，这是要从根上彻底断掉东林党的死灰复燃。
他们虽然也十分痛恨东林党，但不会将事情做得如此之绝。
在三人还未反应过来之时，朱由校继续说道：“朕听说湖广岳麓书院的山长吴道行与顾宪成、冯从吾等罪官过从甚密，并多有学术交流，朕就不杀他了，着令湖广巡抚蔡复一关停岳麓书院，山长吴道行废除功名，以后也不准其从事教书之业。
为了避免东林、首善、岳麓等私立书院继续妖言惑众、危害大明，以后所有非官学书院皆要受礼部整顿，未经礼部批准，不得私开书院与讲学，否则视为违法！”