张璁、桂萼、霍韬掌权后，因为王琼与杨廷和有仇，就推荐了他，然而世宗并没有听从他们。边境上有战事，桂萼等人坚决请求任用王琼，没有成功，但世宗也怜悯王琼年迈多病，就让他返回家乡做个平民。御史胡松因为弹劾桂萼被贬官外放，他的同僚周在请求饶恕胡松，也被关进了诏狱，桂萼又一次说到王琼以前批评过杨廷和，所以满朝大臣一齐起来排斥他，世宗于是命令让王琼官复尚书，等候任用。
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朝廷因西北边事紧急，由内阁大臣桂萼等推荐，诏令王琼“以兵部尚书兼右都御史提督三边军务”。当时，土鲁番占领了哈密，朝廷决定关闭关门并拒绝它的进贡已经有四年的时间，而吐鲁番的将领牙木兰因为受到速檀满速儿的猜疑，率领二千人来请求内附。沙州番人帖木哥、土巴等，一向受土鲁番奴役，也率领五千多人人关来内附。土鲁番人来侵犯，接连被参将云昌等打败，他们引诱瓦刺侵犯肃州，游击彭溶将其击退。土鲁番失去了援助，又在几次战争中失利，于是归还哈密，请求上贡，并请归还被扣押在明朝的使臣，只是话说得很不礼貌。
王琼上书请求对他们予以安抚、结交，世宗采纳兵部尚书王时中的意见，像王琼奏请的那样做了处置，霍韬对此提出责难，王琼又上书请求遣还土鲁番的使臣，像以前那样允许他们来上贡。从此西域又平定下来，只是北方的鞑靼常常来骚扰边疆。鞑靼首次进攻侵犯庄浪，王琼部下的将领阻击他们，斩首数十级，不久又由红城子进攻，杀害了部饷主簿张文明。
鞑靼部落又用数万骑兵来犯宁夏，过后又侵犯灵州，王琼派游击梁震等拦截，斩敌七十多人。王琼征召各路精兵三万人，在塞下巡行，敌人听说了，卷起帐篷远逃而去，明朝官兵于是分路进攻，放火在原野上焚烧，显示了军威，然后收兵而回。在这之前，南京给事中丘九仞弹劾王琼，世宗却加以安慰、挽留。等张璁、桂萼被罢免后，那些弹劾张璁、桂萼等人的大臣都出面攻击王琼，世宗于是命令他退休。
不久，又把先前的诏书搁下来，派人对王琼表示慰问，正好番人前来临洮大肆掳掠，王琼征调兵力讨伐若笼、板尔各部，焚烧了他们的巢穴，斩杀了三百六十人，收附了七十多个部族，评定战功，被加升为太子太保。王琼在边疆上，战备都整顿得很好，鞑靼曾经打到山西，占了便宜，过了一年又来边境上抢劫，假装着要向东打，王琼命令在西边做好战斗准备。贼寇果然钻了进来，官兵沉重地打击了它，各处番人被扫荡、平息后。西部边陲更加太平了。甘肃军民一向受吐鲁番人侵犯、欺凌，如今惟恐王琼离开，就一起请求当地守臣向朝廷上书，留下王琼别走。于是巡抚唐泽、巡按胡明善都上书叙述他的功劳，请听从甘肃军民的请求，世宗为此颁发诏书，奖励了王琼一番。
世宗厌恶杨廷和，怀疑朝中大臣都是他的同党，所以接连任用桂萼、方献夫主管吏部。等献夫离任后，世宗不想任用另外的人，所以久久不增补这个缺额，派行人拿着敕书前往召王琼回朝。然而吏部尚书、南京御史马敭等十人，上书痛骂王琼是先帝一朝遗留的大奸臣，使世宗大为恼怒，把马敭等人全都关进了诏狱中，并且对王琼表示安慰。
不久，马敭等也都官复原职了，花马池传来战报，兵部尚书王宪请派出部队。王琼说花马池战备严整，敌人无法攻入，朝廷大军抵达，敌军早已撤走，这样做只能白白耗费朝廷的人力、财力，王宪最终还是派出六千人援救，走到彰德时，敌人果然已先撤军。后来，王琼在任上去世，获赠为太师，谥号“恭襄”。
王琼，字德华，号晋溪，别署双溪老人，山西太原人，明朝中期名臣。历事成化、弘治、正德、嘉靖四朝，由工部主事升至户部、兵部和吏部尚书，因执掌兵部，立有殊勋，连进“三孤”、“三辅”。仕宦数十年，主持治理漕河，平定朱宸濠叛乱，又加强西北边防，后世将他与于谦、张居正并称为“明代三重臣”。
王琼，最初担任工部主事，后升为郎中，外调治理漕河三年，把所经历过的事罗列出来，编着了《漕河图志》八卷，后来接任的人查考那些事，竟然是毫厘不差，由此王琼以勤勉、干练而出名，不久改任户部郎中，又转官河南右布政使。
王琼入朝任户部左侍郎，衡王府当时有朝廷赏赐的土地，荒芜得无法耕种，衡王还是勒令百姓按照正常情况交租，又反过来诬告赵贤等小百姓侵占了他的土地。王琼前去勘查，把旁边百姓家的土地夺过来给了衡王，把赵贤等发配到边境充军，当地百姓有很多人都怨恨王琼。朝廷推举吏部侍郎，前后推上六个人，武宗都不同意，最后把王琼推选出来，武宗同意。因为他在户部时边疆大臣用太仓的银子没有归还，有关负责人员上报晚了，户部尚书顾佐被扣发了俸禄，王琼被调往南京，过后，又改任户部右侍郎。
王琼颇有计算之才，善于查对，在为郎官时就把过去的文牍、规则抄了下来，全面掌握了户部钱财收支、亏盈的情况。等做了尚书，更加熟悉了国家的财政计算，边境有将领来请拨发粮草，屈指计算一下某仓库、某草场有多少粮草，各郡每年运送多少，边防士卒每年秋收粮草多少，就说：“这些已经够了。再伸手要就是弄虚作假。”由此众人更认为王琼有才干。
各地盗贼四起，官兵的将士都以斩杀敌人的头颅数论功升官，王琼上书：“这是像嬴秦一样的败国政策！在边境上实行还可以，没有内地作战而以头颅数论功的！现在江西、四川的官兵乱杀平民百姓成千上万人，纵容了盗贼，留下了祸患，都是这条规定造成的，从现在起官兵在内地讨伐盗贼，只以扫荡、平息论功，不再计算斩获头颅数目。”武宗同意。
武宗到边塞以外远游，长年不回，京郊的盗贼正悄悄兴起，王琼请在河间设置一名总兵，在大名、武定各设一名兵备副使，责令他们平息当地盗贼，又传令顺天、保定的两个巡抚，严守要害地段防止外敌侵入。征集辽东、延绥兵马到武宗行宫附近地区，用以保护皇上，朝廷内外倚仗着这些才不担惊受怕。孝丰的盗贼汤麻九起来造反，有关部门请派军队过去收捕，王琼请密令勘粮都御史许廷光出其不意地擒拿他们，结果成功了，盗贼没一个漏网。各地奏上捷报后，大多归功于王琼的谋划，他因此几次受到赏赐、封荫，逐渐做到了少师兼太子太师，儿子也被封为世袭锦衣千户。等到修建乾清宫完毕，又荫封他两个儿子为锦衣千户，他受到的宠爱在几个尚书中首屈一指。
宁王朱宸濠叛乱，王琼请武宗令南和伯方寿祥，率领操江部队防守南京，南赣巡抚王守仁、湖广巡抚秦金各自率领自己的部队开往南昌，应天巡抚李充嗣镇守京口，淮扬巡抚丛兰扼守仪真。奏章递上后，武宗心里想要御驾亲征，君臣争议了三天还决定不了，大学士杨廷和催促武宗早作决定，武宗最后还是下诏亲征，让王琼与杨廷和等人在北京坐镇。在此之前，王琼既对朱宸濠所为早有察觉，特举王守仁出任南赣巡抚，以兵部请旨，准王守仁“便宜提督军务”，并放权让他见机行事，提督军务。等朱宸濠造起反来，地方上报朝廷知道后，满朝大臣心里惴惴不安，王琼说：“大家不用担心，我任用王伯安到赣州去，正是为了现在这件事，反贼马上就会拿下的。”
王琼很有才能，并善于结交权贵，他恭敬地侍奉钱宁、江彬等人，由此得到施展才干的机会，他递上去给皇上的建议、请求一经提出就能得到批准，他能在兵部多次立功，也是借了江彬等人的力量。陆完倒台后，他取代陆完做了吏部尚书，王琼忌妒彭泽平定流贼，名望超过了自己，就勾结钱宁，用重罪中伤彭泽。又把云南巡抚范镛、甘肃巡抚李昆、副使陈九畴诬陷下狱，一时间朝廷内外官员大多害怕王琼，而杨廷和也因为王琼所行赏罚大多得到武宗发自内宫的批复诏书，不经过内阁，所以无能为力。
世宗继位，谏官前后不停地揭发王琼，他被关进了都察院的监狱，于是竭力攻击杨廷和，世宗这下更认为他不正直，就交由大臣们议论，结果以触犯结交皇上左右侍卫的律令应判处死刑，改为让他充军庄浪，王琼又上诉说自己年老，因而被改派到绥德充军。
张璁、桂萼、霍韬掌权后，因为王琼与杨廷和有仇，就推荐了他，然而世宗并没有听从他们。边境上有战事，桂萼等人坚决请求任用王琼，没有成功，但世宗也怜悯王琼年迈多病，就让他返回家乡做个平民。御史胡松因为弹劾桂萼被贬官外放，他的同僚周在请求饶恕胡松，也被关进了诏狱，桂萼又一次说到王琼以前批评过杨廷和，所以满朝大臣一齐起来排斥他，世宗于是命令让王琼官复尚书，等候任用。
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朝廷因西北边事紧急，由内阁大臣桂萼等推荐，诏令王琼“以兵部尚书兼右都御史提督三边军务”。当时，土鲁番占领了哈密，朝廷决定关闭关门并拒绝它的进贡已经有四年的时间，而吐鲁番的将领牙木兰因为受到速檀满速儿的猜疑，率领二千人来请求内附。沙州番人帖木哥、土巴等，一向受土鲁番奴役，也率领五千多人人关来内附。土鲁番人来侵犯，接连被参将云昌等打败，他们引诱瓦刺侵犯肃州，游击彭溶将其击退。土鲁番失去了援助，又在几次战争中失利，于是归还哈密，请求上贡，并请归还被扣押在明朝的使臣，只是话说得很不礼貌。
王琼上书请求对他们予以安抚、结交，世宗采纳兵部尚书王时中的意见，像王琼奏请的那样做了处置，霍韬对此提出责难，王琼又上书请求遣还土鲁番的使臣，像以前那样允许他们来上贡。从此西域又平定下来，只是北方的鞑靼常常来骚扰边疆。鞑靼首次进攻侵犯庄浪，王琼部下的将领阻击他们，斩首数十级，不久又由红城子进攻，杀害了部饷主簿张文明。
鞑靼部落又用数万骑兵来犯宁夏，过后又侵犯灵州，王琼派游击梁震等拦截，斩敌七十多人。王琼征召各路精兵三万人，在塞下巡行，敌人听说了，卷起帐篷远逃而去，明朝官兵于是分路进攻，放火在原野上焚烧，显示了军威，然后收兵而回。在这之前，南京给事中丘九仞弹劾王琼，世宗却加以安慰、挽留。等张璁、桂萼被罢免后，那些弹劾张璁、桂萼等人的大臣都出面攻击王琼，世宗于是命令他退休。
不久，又把先前的诏书搁下来，派人对王琼表示慰问，正好番人前来临洮大肆掳掠，王琼征调兵力讨伐若笼、板尔各部，焚烧了他们的巢穴，斩杀了三百六十人，收附了七十多个部族，评定战功，被加升为太子太保。王琼在边疆上，战备都整顿得很好，鞑靼曾经打到山西，占了便宜，过了一年又来边境上抢劫，假装着要向东打，王琼命令在西边做好战斗准备。贼寇果然钻了进来，官兵沉重地打击了它，各处番人被扫荡、平息后。西部边陲更加太平了。甘肃军民一向受吐鲁番人侵犯、欺凌，如今惟恐王琼离开，就一起请求当地守臣向朝廷上书，留下王琼别走。于是巡抚唐泽、巡按胡明善都上书叙述他的功劳，请听从甘肃军民的请求，世宗为此颁发诏书，奖励了王琼一番。
世宗厌恶杨廷和，怀疑朝中大臣都是他的同党，所以接连任用桂萼、方献夫主管吏部。等献夫离任后，世宗不想任用另外的人，所以久久不增补这个缺额，派行人拿着敕书前往召王琼回朝。然而吏部尚书、南京御史马敭等十人，上书痛骂王琼是先帝一朝遗留的大奸臣，使世宗大为恼怒，把马敭等人全都关进了诏狱中，并且对王琼表示安慰。
不久，马敭等也都官复原职了，花马池传来战报，兵部尚书王宪请派出部队。王琼说花马池战备严整，敌人无法攻入，朝廷大军抵达，敌军早已撤走，这样做只能白白耗费朝廷的人力、财力，王宪最终还是派出六千人援救，走到彰德时，敌人果然已先撤军。后来，王琼在任上去世，获赠为太师，谥号“恭襄”。