在前古典时期结束之前，玛雅文明有很多城邦，随着人们迁徙的步伐加快和居民数量的持续增加，更多城邦建立起来。这些城邦建立之初规模不大，但其中许多城邦为下一个千年里出现的强大城邦奠定了基础。

玛雅人在其他领域也取得了巨大进步。他们的书写方法是中美洲最复杂的书写系统，在西班牙入侵玛雅之前一直在使用。由于他们还精通数学和天文学，从而改进了三个极其精确的日历系统。

这段玛雅历史有一个神秘的结局，玛雅文明似乎突然停止了稳步发展，其中原因只能猜测，像纳克贝、埃尔米拉多和卡米纳留宇这样的城邦被遗弃了，可能是战争、瘟疫、地震、火山喷发或是缺水……直到3世纪，玛雅人才真正开始走向力量巅峰。

玛雅领土内的各玛雅城邦从未统一过，这里一直都发生着一些据地为王的大城邦为争夺权力、臣民或四周小城邦而冲突不断的故事。各城邦命运起伏不定，安然度过战争风暴的一个好方法是建立一个权力集中的巨型城邦。蒂卡尔、卡拉克穆尔(Calakmul)和科潘(Copán)等大城邦人口众多，在后来的古典时期，至少有20个城邦的常住人口达5万人或更多。

至少在理论上，玛雅统治是父系统治，统治权由城邦首领传给他的儿子。偶尔，当一个王朝只剩女性或兄弟掌权才能维持统治时，王族中的一位女性或兄弟才可能掌权，但这属于创新之举。

此时的玛雅人约有100多万人，主要分布在尤卡坦半岛的中部和南部谷底，其他零散地分布在伯利兹、洪都拉斯南部及塔瓦斯科和恰帕斯的一部分、危地马拉高地、恰帕斯和萨尔瓦多的最南端。他们从事农耕、兴建巨大的石头建筑和金字塔神殿、冶炼金和铜，金字塔建造数量也还不多。

在公元292年之前，中美各群体形成共同文化，农业发展，开始定居生活，从事刀耕火种农业，种植玉米（主食）、菜豆、南瓜和块根植物，饲养火鸡和狗等。在之后的古典期（公元292—900），才开始有象形文字、历法、石碑、庙宇等，并发明了20进位制，在数学、天文学方面有较高成就。在制陶、雕塑、绘画上也是造诣极深，采用拱形建筑（梯形金字塔、宫殿、拱门等）。

古代文明中心有蒂卡尔（在危地马拉佩腾省）、帕伦克（在墨西哥的恰帕斯）和科潘（在洪都拉斯）。中部地区有大规模发展，出现神权政治，晚期北方文化发展并达到鼎盛时期，建立若干奴隶制城邦，产生社会等级，分贵族（包括祭司、统治官吏、军事首领和商人）和平民（包括工匠、农民和奴隶）。实行分权治理，酋长管辖几个中心，农村居民组成公社，保存氏族制度的许多残余。行自然崇拜，尤其崇拜“太阳神”和“雨神”，以守护神“伊察姆纳”为最高神灵。现代玛雅人分布很广，具有共同的社会文化特征。

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后古典期（公元900—1527），在其前期（公元900—1250），南部和北部出现文化变革，托尔特克人到达中部高原并实行政治统治，将其宗教、礼仪、习俗强加于玛雅人，建立玛雅城，由科科梅家族进行统治；在北部地区，玛雅文化和托尔特克文化融合，产生着名的玛雅潘文明。

在后期（1250—1527），玛雅中心相继遗弃，政治解体，出现一些小城镇相互斗争。1519年西班牙殖民军将领科尔特斯征服了尤卡坦和危地马拉，塔亚斯卡尔的伊察人由于地处偏远和反抗西班牙殖民者，长期保持自治，直至1627年整个玛雅地区被征服。

作为中美洲最着名古文明之一的玛雅文明，与特奥蒂瓦坎城有着紧密联系。玛雅人在建筑和数学方面有着极大的贡献。大约公元前2000年到公元900年期间，玛雅文明在现代墨西哥、伯利兹、洪都拉斯和危地马拉一带蓬勃发展。玛雅人完善了奥尔梅克人创造的历法和象形文字，并发明了一种可书写的数学体系，主要用于记录粮食产量、人口数量，及辅助贸易算数。

因依赖于原始农业，玛雅人的生活区域被农场包围，他们沿着主要的贸易路线修建了数以百计的城邦，包括科潘、蒂卡尔和奇琴伊察等，以及庙宇、神像、金字塔和天文观测台。在没有铁制工具的辅助下，建造了如此多的宏伟建筑，说明当时的建筑水平已经相当高超。

但是，由于贫瘠的土壤和持续了近两个世纪之久的干旱，玛雅文明在公元900年左右开始衰落，玛雅人不得不抛弃这个庞大的人口中心城市，繁荣一时的玛雅文明从此一蹶不振。

16世纪20年代，即1520年左右，当西班牙人来到这片土地时，玛雅人已经变得弱势，几乎没有组织机构或抵抗能力。不过，西班牙人却发现了有关玛雅人历史的象形文字，这些文字被记录在称之为法典的折页书中。1562年，因为担心改信基督教的玛雅人会反悔，恢复他们原本的传统宗教习俗，基督教主教-迭戈·德·兰达，搜集了所有玛雅法典，并付之一炬。以至于最后仅能找到少量幸存的玛雅法典，而玛雅文字基本成了死文字。